RでUMINの臨床試験データを取得する

Rひとりアドベントカレンダー22日目です。終盤に差し掛かってまいりました。

さて、国内の臨床試験はUMIN-CTRに登録するようになっている（特定臨床研究はjRCTだったりするが）。

そしてUMIN-CTRはスナップショットとして登録情報をCSVで公開している。

列名が２段になっているのでとりあえず１行目はスキップして２行目を列名として読み込むようにする。

library(readr)
ctr <- read_csv("https://upload.umin.ac.jp/ctr_csv/ctr_data_j.csv.gz", skip = 1)

ただし、１行目とひもづけることでユニークになる列名も多数あるようで列名が重複してるぜというメッセージが出るので注意。

ちゃんと分析に使いたい場合は自分で列名を綺麗にした方が良い。

ちなみにアメリカの場合、clinicaltrials.govという臨床試験登録サイトがある。

こちらはWeb APIを提供している。

APIがあれば誰かがパッケージを作ってくれているのが世の常。嬉しい。

どうかな。