かつて縦持ちデータ(long)を横持ちデータ(wide)に変換する際、reshapeが遅すぎて困っていたわけですが解決しました。 data.tableパッケージのdcast.data.tableを使えば10倍以上速くなります。 ただしCRANに上がっているパッケージではまだ実装されていないよ…