dplyrとplyrは一緒に使ってはいけない

dplyrの挙動がおかしい時はplyrを一緒にロードしていないか確認しましょう。
たとえば以下のようにおかしくなっている場合があります。

> library(dplyr)

 次のパッケージを付け加えます: ‘dplyr’ 

 以下のオブジェクトはマスクされています (from ‘package:stats’) : 

     filter, lag 

 以下のオブジェクトはマスクされています (from ‘package:base’) : 

     intersect, setdiff, setequal, union 

> iris %.% group_by(Species) %.% summarise(count=length(Species))
Source: local data frame [3 x 2]

     Species count
1     setosa    50
2 versicolor    50
3  virginica    50
> library(plyr)

 次のパッケージを付け加えます: ‘plyr’ 

 以下のオブジェクトはマスクされています (from ‘package:dplyr’) : 

     arrange, desc, failwith, id, mutate,
    summarise, summarize 

> iris %.% group_by(Species) %.% summarise(count=length(Species))
  count
1   150
> detach(package:plyr)
> iris %.% group_by(Species) %.% summarise(count=length(Species))
Source: local data frame [3 x 2]

     Species count
1     setosa    50
2 versicolor    50
3  virginica    50